Los organismos públicos están alcanzados por distintos tipos de escrutinio sobre sus tareas, desempeños y procesos. En ese sentido, la UNSa pone a disposición los informes de auditoría elaborados por la Sindicatura General de la Nación (SIGEN) y por la Unidad de Auditoría Interna (UAI), junto al plan anual de auditorias. 

Las universidades, en tanto instituciones públicas, tienen la responsabilidad de garantizar la transparencia y la rendición de cuentas en su gestión. En este sentido, la auditoría interna constituye una función propia de cada institución de educación superior, orientada al seguimiento y mejora de sus procesos institucionales.

Asimismo, el control administrativo externo corresponde de manera exclusiva e indelegable a la Auditoría General de la Nación, conforme a lo dispuesto en el inciso 19 del artículo 75 de la Constitución Nacional y en el artículo 8° de la Ley N°27.204 de Implementación Efectiva de la Responsabilidad del Estado en el Nivel de Educación Superior, que incorpora el artículo 59° bis a la Ley de Educación Superior N°24.521.

Por otra parte, de acuerdo con lo establecido en el artículo 44 de la Ley N°24.521, las instituciones universitarias deben garantizar el funcionamiento de instancias internas de evaluación institucional. Dichas instancias tienen por finalidad analizar los logros y dificultades en el cumplimiento de las funciones universitarias, así como proponer acciones de mejora. Estas autoevaluaciones se complementan con evaluaciones externas que deben realizarse, como mínimo, cada seis años, en el marco de los objetivos definidos por cada institución.